Отличното владеене на гръцки и латински позволявало на Еразъм да сравнява латински преводи на Библията, като латинската „Вулгата“, с ранни гръцки ръкописи на Християнските гръцки писания, познати като Новия завет. Той се убедил, че познанието за Библията е жизненоважно. Затова отстоявал мнението, че Светото Писание трябва да бъде превеждано на други езици, които се говорели по негово време.

Еразъм проповядвал вътрешна реформация на католическата църква, тъй като вярвал, че християнството трябва да е начин на живот, а не просто спазване на безсмислени ритуали. Затова, когато реформаторите започнали да протестират и да искат промяна в римската църква, католиците гледали на него с подозрение.

В писанията си Еразъм саркастично изобличил злоупотребите на духовниците, разкошния им начин на живот и амбициозността на папите, които одобрявали войните. Той се различавал от покварените духовници, които използвали църковните обичаи, като изповядването, поклонението на светци, постенето и пилигримството, за да експлоатират вярващите. Еразъм осъждал някои действия на църквата, например продажбата на индулгенции и принудителното безбрачие.

През 1516 г. Еразъм издал своя превод на Новия завет на гръцки, който бил първото печатно издание на Християнските гръцки писания. То включвало бележки заедно с неговия превод на Християнските гръцки писания на латински, който се различавал от „Вулгата“. Еразъм продължил да ревизира превода си, който в завършения си вид имал още по–забележителни разлики с текста на латинската „Вулгата“.

Една от разликите се намирала в 1 Йоан 5:7. За да бъде подкрепено небиблейското учение за троицата, във „Вулгата“ били добавени някои неверни думи, известни като comma Johanneum. Те гласят: „На небето: Бащата, Словото и Светият Дух. И тези тримата са едно.“ Еразъм обаче премахнал тези думи от първите си две издания на Новия завет, защото никой от гръцките ръкописи, с които направил справка, не ги съдържал. Впоследствие църквата му оказала натиск да ги включи в третото издание.

Подобрените издания на гръцкия Нов завет на Еразъм се оказали добра основа за по–качествени преводи на европейски езици. Мартин Лутер, Уилям Тиндъл, Антонио Бручоли и Франсиско де Енсинас ги използвали, за да преведат Гръцките писания съответно на немски, английски, италиански и испански.

Еразъм живял във време на значими религиозни вълнения и неговият превод на Новия завет на гръцки бил считан за безценна помощ от протестантските реформатори. Някои смятали самия него за реформатор, докато Реформацията не започнала. Той отказал да вземе страна в големите теологични спорове, които последвали. Интересно е, че преди повече от 100 години ученият Дейвид Шаф писал: „[Еразъм] умрял в изолация, без религиозна принадлежност. Католиците не го искали на своя страна, а протестантите не успели да го привлекат.“