Začátkem roku 1942 obsadila Indonésii japonská armáda. Mnoho bratrů bylo nuceno vykonávat namáhavou manuální práci – stavět silnice nebo hloubit příkopy. Další byli posláni do špinavých vězeňských táborů a byli mučeni za to, že odmítají bojovat. Nejméně tři bratři ve vězení zemřeli.

 Johanna Harpová, sestra nizozemského původu, která žila v jedné odlehlé vesnici na východě Jávy, byla první dva roky války na svobodě. Se svými třemi dospívajícími dětmi během té doby přeložila z angličtiny do nizozemštiny knihu Záchrana a několik čísel Strážné věže. a Tyto publikace pak byly rozmnoženy a tajně rozšířeny mezi svědky na Jávě.

Těch pár svědků, kteří zůstali na svobodě, se scházelo v malých skupinkách. Pokračovali také v kázání, ale museli při tom být velmi opatrní. Josephine Eliasová (dřív Tanová) vyprávěla: „Stále jsem hledala příležitosti vydat svědectví. Když jsem šla za zájemci, nosila jsem s sebou šachovnici, aby si lidé mysleli, že jdu prostě hrát šachy.“ Když šli Felix Tan a jeho žena Bola kázat dům od domu, předstírali, že prodávají mýdlo. Felix vyprávěl: „Často jsme měli v patách špiony z obávané japonské vojenské policie Kempeitai. Abychom nebudili podezření, navštěvovali jsme své zájemce v různou dobu. Šest z nich dělalo rychlé pokroky a ještě za války byli pokřtěni.“

Sotva se bratři přizpůsobili válečným podmínkám, už museli řešit další závažný problém. Japonské úřady nařídily všem cizincům (včetně Indonésanů čínského původu), aby se dali zaregistrovat a aby u sebe nosili průkaz totožnosti, jehož součástí byla přísaha věrnosti Japonskému císařství. Mnozí bratři si kladli otázku, jestli se dát zaregistrovat a průkaz podepsat, nebo to odmítnout.

 Felix Tan vyprávěl: „Bratři z Jakarty naléhali na nás ze Sukabumi, abychom ten průkaz totožnosti nepodepisovali. My jsme se ale na příslušných úřadech zeptali, jestli by bylo možné změnit znění textu na kartě z ‚níže podepsaný přísahal věrnost japonské armádě‘ na ‚níže podepsaný nebude klást odpor japonské armádě‘. Úředníci k našemu překvapení souhlasili, a tak jsme všichni kartu podepsali. Když se o tom doslechli bratři v Jakartě, označili nás za odpadlíky a přestali s námi komunikovat.“

Většina konzervativních bratrů z Jakarty byla uvězněna a bohužel se zřekla své víry. Jeden bratr, který odmítal dohodu s úřady, skončil ve vězení s Andrém Eliasem. André vyprávěl: „Povídali jsme si o otázce registrace a já jsem mu pomohl, aby se na to díval rozumněji. Pokorně se omluvil za to, že s námi přestali komunikovat. Od té doby jsme byli jeden druhému po duchovní stránce velkou oporou. Nakonec ale kvůli drsným podmínkám ve vězení zemřel.“

Když válka v roce 1945 skončila, bratři a sestry se s chutí opět pustili do kázání. Jeden bratr, který zažil vězení a mučení, napsal do australské pobočky: „Po čtyřech dlouhých, vyčerpávajících letech jsem zase připraven sloužit. Za celou tu těžkou dobu jsem nezapomněl na své bratry, zůstal jsem věrný a moje přesvědčení nezesláblo. Můžete mi prosím poslat nějaké knihy?“

Vytoužené publikace brzy dorazily. Nejdřív sice jen v malém množství, ale později ve větších dodávkách. Skupina deseti zvěstovatelů v Jakartě začala znovu překládat publikace do indonéštiny.

Vůdci indonéského hnutí za nezávislost prohlásili 17. srpna 1945 Indonésii za nezávislou republiku. To odstartovalo čtyři roky trvající revoluci proti nizozemské koloniální nadvládě. V této chaotické době zahynuly desetitisíce lidí a víc než sedm milionů jich bylo nuceno opustit své domovy.

Během revoluce bratři dál kázali dům od domu. Josephine Eliasová vyprávěla: „Vlastenci se nás snažili donutit, abychom se přidali k jejich válečnému pokřiku ‚Merdeka!‘, což znamená ‚svoboda‘. My jsme jim ale řekli, že v politických záležitostech jsme neutrální.“ Nakonec v roce 1949 předali Nizozemci vládu nad svou kolonií představitelům Spojených států Indonésie (dnes Indonéská republika). b

Bratři úspěšně zvládli náročné období čtyřicátých let. Další obrovský úkol byl ale před nimi. Jak předají dobrou zprávu všem těm milionům obyvatel Indonésie?  Z lidského pohledu bylo něco takového nemožné. Bratři se ale tohoto úkolu nezalekli a důvěřovali, že Jehova pošle „dělníky na svou žeň“. (Mat. 9:38) A on jejich důvěru nezklamal.