Στις 9 Ιουλίου 1964, το Υπουργείο Δικαιοσύνης καταχώρισε επίσημα τον Σύλλογο Σπουδαστών της Γραφής, ένα νομικό σωματείο που χρησιμοποιούν οι Μάρτυρες του Ιεχωβά. Για να μπορούν όμως οι αδελφοί να απολαμβάνουν πλήρη θρησκευτική ελευθερία, έπρεπε να καταχωριστούν στο Υπουργείο Θρησκευμάτων. Αυτός ο φορέας συμβουλεύτηκε τη Γενική Διεύθυνση Χριστιανικού Κοινοτικού Προσανατολισμού, την οποία επάνδρωναν σκληροπυρηνικοί Προτεστάντες που εναντιώνονταν αμείλικτα στους Μάρτυρες του Ιεχωβά.

Μια μέρα, ένας αδελφός συνάντησε κάποιον ανώτερο αξιωματούχο που συνεργαζόταν στενά με τον Υπουργό Θρησκευμάτων. Καθώς μιλούσαν, οι δύο άντρες διαπίστωσαν ότι ήταν από το ίδιο χωριό, και έτσι ακολούθησε μια ζωηρή συζήτηση στη διάλεκτό τους. Όταν ο αδελφός είπε στον αξιωματούχο ότι οι Μάρτυρες είχαν προβλήματα με τη Γενική Διεύθυνση Χριστιανικού Κοινοτικού Προσανατολισμού,  ο αξιωματούχος κανόνισε να συναντηθούν τρεις αδελφοί προσωπικά με τον υπουργό, έναν ευχάριστο και συμπαθητικό Μουσουλμάνο. Στις 11 Μαΐου 1968, ο υπουργός εξέδωσε επίσημο διάταγμα με το οποίο αναγνώριζε τους Μάρτυρες του Ιεχωβά ως θρησκεία και επιβεβαίωνε το δικαίωμα που έχουν να επιτελούν το έργο τους στην Ινδονησία.

Ο ανώτερος αξιωματούχος προσφέρθηκε επίσης να παρακάμψει την εν λόγω Γενική Διεύθυνση ώστε να μπορούν Μάρτυρες από το εξωτερικό να βγάζουν ιεραποστολική βίζα. Χάρη στη βοήθεια αυτού του ανοιχτόμυαλου διοικητή, 64 ιεραπόστολοι έγιναν δεκτοί στην Ινδονησία μέσα στα επόμενα λίγα χρόνια.

Το 1968, περίπου 300 ιεραπόστολοι και ειδικοί σκαπανείς, καθώς και πάνω από 1.200 ευαγγελιζόμενοι διέδιδαν τα καλά νέα σε κάθε γωνιά της Ινδονησίας. Οι ιεραπόστολοι πρόσφεραν στους ντόπιους αδελφούς πολύτιμη εκπαίδευση, η οποία επιτάχυνε την πνευματική τους πρόοδο. Η εκπαίδευση ήρθε στην κατάλληλη στιγμή, επειδή τα μαύρα σύννεφα του διωγμού πλησίαζαν απειλητικά.

Το 1974, η Γενική Διεύθυνση Χριστιανικού Κοινοτικού Προσανατολισμού άρχισε και πάλι τον μακροχρόνιο αγώνα της για την απαγόρευση των Μαρτύρων του Ιεχωβά. Ο γενικός διευθυντής αυτής της υπηρεσίας έστειλε επιστολή σε κάθε περιφερειακό γραφείο του Υπουργείου Θρησκευμάτων, υποστηρίζοντας ψευδώς ότι οι Μάρτυρες του Ιεχωβά δεν είχαν νομική αναγνώριση. Παρότρυνε τους τοπικούς αξιωματούχους να αναλαμβάνουν δράση κατά των Μαρτύρων κάθε φορά που τους προκαλούσαν «δυσκολίες»—μια συγκαλυμμένη προτροπή να διώκουν τον λαό του Ιεχωβά. Οι περισσότεροι αξιωματούχοι αγνόησαν την κατεύθυνση, αλλά κάποιοι βρήκαν την ευκαιρία να απαγορεύσουν τις συναθροίσεις και το έργο κηρύγματος από σπίτι σε σπίτι.

 Την ίδια περίοδο, το Παγκόσμιο Συμβούλιο των Εκκλησιών προγραμμάτισε μια διεθνή συνέλευση στην Τζακάρτα, κάτι που οι ντόπιοι Μουσουλμάνοι θεώρησαν προκλητική και επιθετική κίνηση. Επειδή οι θρησκευτικές εντάσεις κλιμακώνονταν, το Παγκόσμιο Συμβούλιο των Εκκλησιών ακύρωσε τελικά τη συνέλευση. Ωστόσο, ο προσηλυτισμός σε Χριστιανικά δόγματα είχε μετατραπεί σε φλέγον ζήτημα, και μεγάλος αριθμός πολιτικών ανησυχούσαν. Όπως ήταν αναμενόμενο, ο κλήρος προσπάθησε να ρίξει το φταίξιμο στους Μάρτυρες του Ιεχωβά εκφράζοντας έντονα παράπονα εναντίον του έργου κηρύγματος. Ως αποτέλεσμα, περισσότεροι αξιωματούχοι άρχισαν να βλέπουν τους Μάρτυρες αρνητικά.

Τον Δεκέμβριο του 1975, και ενώ οι θρησκευτικές εντάσεις αυξάνονταν, η Ινδονησία εισέβαλε στο Ανατολικό Τιμόρ. Εφτά μήνες αργότερα, προσάρτησε αυτή την πρώην πορτογαλική αποικία, φουντώνοντας έτσι τη φλόγα του πατριωτισμού σε ολόκληρο το έθνος. Οι αδελφοί παρέμεναν πολιτικά ουδέτεροι και αρνούνταν να εκτελέσουν στρατιωτική υπηρεσία ή να χαιρετήσουν τη σημαία, στάση που εξόργισε τους ανώτερους στρατιωτικούς διοικητές. (Ματθ. 4:10· Ιωάν. 18:36) Θέλοντας να δώσει τη χαριστική βολή στους Μάρτυρες, ο κλήρος απαίτησε από την κυβέρνηση να δράσει εναντίον τους. Τελικά, στα μέσα του Δεκεμβρίου του 1976, ο κλήρος πήρε το «Χριστουγεννιάτικο δώρο» του—η κυβέρνηση ανακοίνωσε ότι οι Μάρτυρες του Ιεχωβά τίθονταν υπό απαγόρευση.