Kirgisiassa on ollut Jehovan todistajia vuodesta 1956 lähtien, ja heidät rekisteröitiin laillisesti vuonna 1998. Vuosikymmenten aikana todistajien uskonnonvapautta on loukattu räikeästi, mutta viime vuosien lakimuutokset ovat parantaneet tilannetta.

Marraskuussa 2013 korkeimman oikeuden perustuslakijaosto päätti yksimielisesti, että siviilipalvelusta koskeva laki on Kirgisian perustuslain vastainen ja sitä tulee muuttaa. Kirgisian tuomioistuimet ottivat perustuslakijaoston päätöksen huomioon tuomioissaan, ja alkuvuoden 2014 jälkeen Jehovan todistajia vastaan ei ole enää nostettu syytteitä aseistakieltäytymisen vuoksi. Kesäkuun 29. päivänä 2015 lakia muutettiin niin, että aseistakieltäytyjät voivat suorittaa vaihtoehtoisen palveluksen, joka ei ole asevoimien alaisuudessa.

Syyskuussa 2014 Kirgisian korkeimman oikeuden perustuslakijaosto teki ratkaisun Jehovan todistajien ja uskonnonvapauden hyväksi julistamalla vuoden 2008 uskontolain tietyt osat perustuslain vastaisiksi. Tästä huolimatta valtion uskontoasioiden komitea kieltäytyy edelleen rekisteröimästä Jehovan todistajien paikallisyhdistyksiä maan eteläosissa. Rekisteröinnin puuttumisen vuoksi jotkut viranomaiset ovat käsittäneet, että Jehovan todistajien toiminta on laitonta. Todistajat ovat kuitenkin yleensä onnistuneet selvittämään väärinkäsitykset viranomaisten kanssa, niin että he voivat vapaasti kokoontua yhteen ja puhua vakaumuksestaan toisille. Kirgisiassa asuvat todistajat toivovat, että viranomaiset noudattaisivat johdonmukaisesti perustuslakijaoston linjausta ja suostuisivat rekisteröimään Jehovan todistajien paikallisyhdistykset myös Etelä-Kirgisiassa.