סוגיית השליטה במחוזות השונים שהלכו ונתגלו העסיקה זה מכבר את מלכי ספרד ופורטוגל ואת האפיפיורים. ב־1455 העניק האפיפיור ניקולאוס החמישי לפורטוגלים את הזכות הבלעדית לחקור את הארצות והאיים לאורך קו החוף המערבי של אפריקה ולספח לעצמם את כל האזורים שיגלו שם. באמנת אלקסובש שנחתמה ב־1479 העבירו מלך פורטוגל אפונסו החמישי ובנו, הנסיך ז’וּאָאוּ, את הריבונות על האיים הקנאריים למלכי ספרד, פרננדו ואיסבלה. בתמורה לכך הכירה ספרד במונופול של פורטוגל על המסחר באפריקה ובריבונותה של פורטוגל על האיים האזוריים, איי כף ורדה ומדירה. כעבור שנתיים נתן האפיפיור סיקסטוס הרביעי משנה תוקף לאמנה וציין שכל תגלית חדשה מדרום לאיים הקנאריים וממזרחה להם תסופח לפורטוגל.‏

אולם ז’ואאו, שכבר היה למלך פורטוגל וכונה ז’ואאו השני, טען שהשטחים שנתגלו על־ידי קולומבוס שייכים לפורטוגל. מלכי ספרד מחו על כך בתוקף ועתרו לאפיפיור החדש, אלכסנדר השישי. הם ביקשו שהוא יתיר להם להקים מושבות באזורים שנתגלו על־ידי קולומבוס ולנצר את המקומיים.‏

בתגובה ניסח אלכסנדר שלושה צווים רשמיים. בצו הראשון הוא כתב כי ”בסמכות האל הכול יכול” תקבל ספרד בעלות  בלעדית ותמידית על השטחים החדשים. בצו השני מתח אלכסנדר קו מן הצפון לדרום במרחק של כ־560 קילומטר ממערב לאיי כף ורדה. הוא קבע שכל הארצות שהתגלו עד כה, או יתגלו בעתיד, מערבית לאותו קו יהיו שייכות לספרד. במשיכת קולמוס חצה האפיפיור את העולם לשניים! הצו השלישי ככל הנראה העניק לספרד את הזכות להרחיב את שליטתה מזרחה עד הודו הרחוקה. כמובן, הדבר עורר את חמתו של המלך ז’ואאו מפני שמשלחת מטעמו זה עתה הצליחה להקיף את יבשת אפריקה ולהנחיל לפורטוגל מונופול גם באוקיינוס ההודי.‏

בשלב זה נקעה נפשו של ז’ואאו השני מאלכסנדר,‏ * והוא פתח במשא ומתן ישיר עם פרננדו ואיסבלה. ”מכיוון שמלכי ספרד חששו מהפורטוגלים חסרי הרחמים והיו עסוקים בכיבוש העולם החדש, הם היו מוכנים ומזומנים להגיע לפשרה סבירה”, כתב הסופר ויליאם ברנשטיין. בעקבות זאת, ב־1494 נחתמה בספרד אמנת טורדסיאס, המכונה כך על שם העיירה שבה גובשה.‏

אמנת טורדסיאס שימרה את קו האורך שמתח אלכסנדר מהצפון לדרום, אך הסיטה אותו כ־1,500 קילומטר מערבה. כתוצאה מכך קיבלה פורטוגל ”בעלות” על כל אפריקה ואסיה, ואילו ספרד על העולם החדש (יבשת אמריקה). אולם בעקבות הזזת הקו מערבה, לימים סופחו לפורטוגל חלקים ניכרים משטחה של ברזיל, שטרם נתגלתה באותה עת.‏

צווי האפיפיור שהעניקו לספרד ופורטוגל את הסמכות להשתלט על שטחים חדשים ולהגן עליהם היוו עילה לשפיכות דמים רבה. הצווים לא רק רמסו את זכויותיהם של הילידים והובילו לשעבודם וניצולם, אלא גם הציתו סכסוכים בני מאות שנים בין מדינות רבות שנאבקו על שליטה וחופש תנועה בימים.‏