1964. július 9-én az indonéziai igazságügyi minisztérium hivatalosan bejegyezte a Bibliakutatók Társaságát, Jehova Tanúi jogi személyét. De ahhoz, hogy a testvérek szabadon gyakorolhassák a vallásukat, szükséges volt, hogy a vallásügyi minisztériumnál is bejegyeztessék magukat. Ez a minisztérium a Keresztény Egyházak Titkárságához fordult, melynek tagjai megrögzött protestánsok voltak, és elszánt küzdelmet folytattak Jehova Tanúi ellen.

Egyszer egy testvér találkozott egy magas beosztású tisztviselővel, aki együtt dolgozott a vallásügyi miniszterrel. Kiderült, hogy ugyanabból a faluból származnak, úgyhogy jól elbeszélgettek a saját nyelvjárásukban. Miután a testvér elmondta, hogy milyen problémáik vannak a Tanúknak a Keresztény Egyházak Titkárságával,  a tisztviselő elintézte, hogy három testvér találkozhasson a miniszterrel, egy kedves, rokonszenves, muszlim férfival. 1968. május 11-én a miniszter kiadott egy rendeletet, mely elismerte Jehova Tanúi vallását, és azt, hogy joguk van végezni a tevékenységüket Indonéziában.

A tisztviselő felajánlotta, hogy a Keresztény Egyházak Titkárságának megkerülésével elintézi, hogy a külföldről érkező Tanúk misszionáriusvízumot kapjanak. Ennek a jóindulatú hivatalnoknak a segítségével 64 misszionárius jöhetett Indonéziába a következő pár évben.

1968-ra már körülbelül 300 misszionárius és különleges úttörő, valamint több mint 1200 hírnök terjesztette a jó hírt Indonézia-szerte. A misszionáriusok nagyszerű képzést nyújtottak a helyi testvéreknek, ami jelentős mértékben segített nekik fejlődni. A képzés időszerű volt, hiszen az üldözés viharfelhői egyre inkább gyülekeztek.

1974-ben a Keresztény Egyházak Titkársága ismét megpróbálkozott Jehova Tanúi munkájának a betiltásával. A titkárság főigazgatója írt a vallásügyi minisztérium helyi kirendeltségeinek, és hamisan azt állította, hogy Jehova Tanúi nincsenek hivatalosan bejegyezve. Arra ösztönözte a helyi tisztviselőket, hogy amikor csak lehet, gördítsenek akadályokat Jehova Tanúi elé, amivel alig burkoltan üldözést szított Jehova népe ellen. A legtöbben nem tettek így, de voltak, akik kihasználva a lehetőséget megakadályozták az összejöveteleink megtartását és a házról házra végzett munkánkat.

Nagyjából ugyanekkor az Egyházak Világtanácsa egy nemzetközi rendezvényt szervezett Jakartába, melyet a  helyi muszlimok provokatív és erőszakos lépésnek tekintettek. A növekvő vallási feszültség miatt az Egyházak Világtanácsa mégsem tartotta meg a rendezvényt. Azonban a keresztény térítőmunka továbbra is heves indulatokat váltott ki, ami sok politikust aggodalommal töltött el. Ahogy ez várható volt, a papság Jehova Tanúit hibáztatta, és élesen bírálta a prédikálómunkánkat. Emiatt még több tisztviselőnek lett negatív véleménye rólunk.

Miközben a vallási feszültség tovább fokozódott, 1975 decemberében Indonézia megszállta Kelet-Timort, egy korábbi portugál gyarmatot. Hét hónappal később bekebelezte Kelet-Timort, ami miatt fellángolt a nacionalista érzület. A testvérek semlegesek maradtak politikailag, nem vállaltak katonai szolgálatot, és nem tisztelegtek a zászló előtt, amivel kiváltották a katonai parancsnokok haragját (Máté 4:10; Ján 18:36). A leszámolás reményében a papság azt követelte a kormánytól, hogy lépjen fel a Tanúkkal szemben. Végül 1976 decemberének közepén a papság megkapta a „karácsonyi ajándékát”, a kormány betiltotta Jehova Tanúi tevékenységét.