Erasmus kunni grísku og latínu afburðavel. Það gerði honum kleift að bera saman biblíuþýðingar, eins og latnesku Vulgata-þýðinguna og forn handrit Grísku ritninganna, einnig þekkt sem Nýja testamentið. Hann sannfærðist um að þekking á Biblíunni væri nauðsynleg. Þess vegna var hann á þeirri skoðun að það ætti að þýða Heilaga ritningu á tungumál sem voru almennt töluð á þeim tíma.

Erasmus trúði því að kristin trú ætti að hafa áhrif á líf fólks en ekki aðeins snúast um þátttöku í innantómum helgiathöfnum. Hann ýtti því undir siðbót innan kaþólsku kirkjunnar. Þegar siðbótarmenn byrjuðu að mótmæla og krefjast breytinga innan kirkjunnar í Róm beindu kaþólskir því spjótum sínum að honum.

Í ritum sínum hæddist Erasmus að kirkjunnar mönnum. Hann afhjúpaði illsku klerkanna og hvernig þeir upphófu sjálfa sig og hann var gagnrýninn á stríðsæsingu páfanna. Hann var ólíkur spilltum klerkum að því leyti að hann hafnaði helgisiðum kirkjunnar eins og syndajátningu, dýrlingadýrkun, föstuhaldi og pílagrímsferðum, en klerkarnir notuðu þetta til að féfletta sóknarbörn sín. Hann mótmælti líka sölu aflátsbréfa og reglunni um einlífi klerka.

Árið 1516 gaf Erasmus út fyrstu útgáfu sína af Nýja testamentinu á grísku en það var fyrsta útgáfan á grísku sem kom út á prenti. Í þessari útgáfu voru athugasemdir Erasmusar og einnig latnesk þýðing hans á Grísku ritningunum en hún var frábrugðin Vulgata-þýðingunni. Erasmus tók þýðingu sína til endurskoðunar og í lokaútgáfunni mátti sjá að hann hafði fjarlægst Vulgata-þýðinguna enn meir.

Eina lagfæringu, sem hann gerði, er að finna í 1. Jóhannesarbréfi 5:7. Í Vulgata-þýðingunni hafði orðum verið bætt inn sem studdu hina óbiblíulegu þrenningarkenningu. Þessi viðbót er kölluð comma Johanneum og hljómar þannig: „Í himninum: Faðirinn, orðið og heilagur andi, og þessir þrír eru eitt.“ Erasmus sleppti viðbótinni í fyrstu tveim útgáfum sínum á Nýja testamentinu því að hana var ekki að finna í grísku handritunum sem hann studdist við. Seinna þegar hann gaf út þriðju útgáfuna þvingaði kirkjan hann til að bæta þessu við aftur.

Endurbættar útgáfur Erasmusar á Nýja testamentinu á grísku auðvelduðu mönnum að gera nákvæmar þýðingar á evrópsk tungumál. Marteinn Lúter, William Tyndale, Antonio Brucioli og Francisco de Enzinas studdust við þýðingar Erasmusar þegar þeir þýddu Nýja testamentið á þýsku, ensku, ítölsku og spænsku.

Erasmus var uppi á róstusömum tímum í sögu trúarbragðanna. Útgáfa hans á Nýja testamentinu kom að góðum notum fyrir siðabótarmenn. Erasmus var af sumum álitinn siðabótarmaður allt þar til siðaskiptin hófust fyrir alvöru. Hann neitaði að láta teyma sig út í að taka afstöðu í deilunum miklu sem brutust út á þeim tíma milli mótmælenda og kaþólskra. Fyrir meira en einni öld skrifaði sagnfræðingurinn David Schaff nokkuð áhugavert um Erasmus: „Hann var einangraður frá mótmælendum og kaþólskum þegar hann lést. Kaþólskir gerðu ekki tilkall til hans, mótmælendur gátu það ekki.“