WHISTON jest również znany, zwłaszcza osobom studiującym Biblię, z tłumaczenia na język angielski dzieł Józefa Flawiusza, żydowskiego historyka z I wieku. Dzieła te rzucają sporo światła na historię Żydów i na świat pierwszych chrześcijan.

Whiston wykorzystywał swój intelekt w wielu dziedzinach, szczególnie w nauce i religii. Uważał, że biblijna relacja o stwarzaniu jest dokładna i że widoczne w naturze zaprojektowanie, piękno i porządek dowodzą istnienia boskiego Architekta.

Co więcej, Whiston twierdził, że do podziału kościołów chrześcijaństwa na wiele wyznań przyczyniło się duchowieństwo — które odstąpiło od nauk biblijnych na rzecz niebiblijnych poglądów i tradycji, ustalanych na soborach i synodach oraz przejętych od tak zwanych Ojców Kościoła.

Ponieważ Whiston uznawał Biblię za źródło duchowej prawdy, odrzucił naukę o wiecznych mękach w piekle. Uważał, że jest absurdalna i znieważa Boga, przypisując Mu okrucieństwo. Ale tym, co szczególnie zaogniło konflikt Whistona z władzami kościelnymi, było odrzucenie przez niego dogmatu o Trójcy — według którego Bóg istnieje w trzech równych sobie i współwiecznych osobach (Ojciec, Syn i Duch Święty), a jednak nie ma trzech bogów, tylko jeden.

Po starannym zbadaniu tej kwestii Whiston doszedł do wniosku, że pierwsi chrześcijanie nie nauczali o Trójcy, ale że dogmat ten został przyjęty później — przez chrześcijaństwo skażone pogańską filozofią a. Przyjaciele ostrzegali Whistona, że upublicznienie tego odkrycia może być ryzykowne. Ale on nie mógł zignorować czegoś, co w jego oczach było wypaczeniem prawdy o naturze Jezusa jako Syna Bożego, który został stworzony.

Na Uniwersytecie w Cambridge każdy, kto głosił poglądy sprzeczne z doktryną anglikańską, tracił stanowisko, a zatem Whiston również musiał się z tym liczyć. Mimo to nie zamierzał siedzieć cicho — w przeciwieństwie do Newtona, który też uważał naukę o Trójcy za fałszywą, ale nie wyrażał publicznie swoich poglądów. Whiston napisał: „Nie powstrzymają mnie żadne doczesne zyski”.

W roku 1710 został wydalony z Cambridge. Ponieważ nie zamierzał iść na kompromis, z uznanego wykładowcy stał się banitą. Ale nawet wtedy nie dał się zastraszyć. Gdy został oskarżony o herezję, napisał serię esejów zatytułowaną Primitive Christianity Revived (Odrodzenie pierwotnego chrystianizmu) — traktującą o chrystianizmie praktykowanym przez pierwszych naśladowców Jezusa. Później założył też Towarzystwo Krzewienia Pierwotnego Chrystianizmu, które spotykało się w jego londyńskim domu.

Chociaż Whiston utracił profesurę i poniósł straty finansowe, nie przestał pisać i nadal wykładał w londyńskich kawiarniach. W roku 1737 opublikował tłumaczenie dzieł Józefa Flawiusza, przybliżając czasy, w jakich żyli pierwsi chrześcijanie. Tłumaczenie to ukazuje się w druku do tej pory.

Odważne, ale niepopularne stanowisko Whistona sprawiło, że wielu uważa go dzisiaj za „postać ekscentryczną” — jak się wyraził pisarz James Force. Inni natomiast podziwiają go jako badacza Biblii, szczerego poszukiwacza prawdy biblijnej i człowieka zdecydowanego żyć zgodnie ze swoimi przekonaniami.