Dzięki biegłej znajomości języków klasycznych Erazm mógł porównać wczesne manuskrypty Chrześcijańskich Pism Greckich, nazywanych często Nowym Testamentem, z ich tłumaczeniami na łacinę, takimi jak Wulgata. Nabrał przekonania, że poznanie treści Biblii jest sprawą ogromnej wagi. Dlatego twierdził, że Pismo Święte powinno być tłumaczone na jeszcze inne języki powszechnie używane w jego czasach.

Erazm głosił potrzebę wewnętrznej reformy Kościoła katolickiego, ponieważ uważał, że bycie chrześcijaninem to droga życiowa, a nie jedynie branie udziału w pozbawionych znaczenia obrzędach. W rezultacie, kiedy rozpoczął się protest reformatorów, którzy żądali zmian w Kościele, katolicy zaczęli odnosić się do Erazma nieufnie.

W swoich pismach Erazm posługiwał się satyrą, żeby obnażyć nadużycia i przepych, w jakim żył kler, oraz ambicje papieży pochwalających wojny. Nie zgadzał się z zepsutymi duchownymi, którzy do wyzyskiwania wiernych wykorzystywali zwyczaje kościelne, takie jak spowiedź, kult świętych, posty czy pielgrzymki. Sprzeciwiał się też niektórym praktykom, na przykład sprzedaży odpustów czy obowiązkowemu celibatowi.

W roku 1516 Erazm wydał swoje pierwsze opracowanie Nowego Testamentu w języku greckim. Była to pierwsza w historii drukowana wersja Chrześcijańskich Pism Greckich, która trafiła do szerszego grona odbiorców. W skład tego dzieła wchodziły obszerne przypisy oraz dokonane przez Erazma tłumaczenie Chrześcijańskich Pism Greckich na łacinę, które różniło się od Wulgaty. Później Erazm kilkakrotnie rewidował swoje tłumaczenie. W rezultacie różnice między Wulgatą a ostateczną wersją tekstu Erazma są jeszcze większe.

Przykładem takich rozbieżności jest List 1 Jana 5:7. Aby poprzeć niebiblijną naukę o Trójcy, w Wulgacie dodano w tym wersecie kilka słów, znanych jako comma Johanneum. W przekładzie Jakuba Wujka (wyd. z roku 1962) werset ten brzmi: „Albowiem trzej są, co świadectwo dają na niebie: Ojciec, Słowo i Duch Święty i ci trzej są jedno”. Erazm pominął te słowa w pierwszych dwóch edycjach swojego Nowego Testamentu, ponieważ nie znalazł ich w żadnym z greckich manuskryptów, do których miał dostęp. Później jednak, pod wpływem nacisków Kościoła, dodał je w trzecim wydaniu swojego tłumaczenia.

Opracowane przez Erazma poprawione wydania Nowego Testamentu stały się podstawą lepszej jakości tłumaczeń na języki europejskie. Marcin Luter dokonał przekładu na niemiecki, William Tyndale na angielski, Antonio Brucioli na włoski, a Francisco de Enzinas na hiszpański.

Erazm żył w czasie, kiedy toczyły się gorące polemiki dotyczące religii, a jego przekład był uważany przez protestanckich reformatorów za nieocenioną pomoc. Niektórzy sądzili, że sam Erazm był zwolennikiem tego ruchu. Zmieniło się to jednak, kiedy reformacja zaczęła się na dobre, ponieważ odmówił on opowiedzenia się po którejkolwiek ze stron wielkiej teologicznej debaty, która się wtedy rozpętała. Co ciekawe, ponad 100 lat temu uczony David Schaff napisał, że Erazm „umarł w odosobnieniu, bez sprzymierzeńców. Katolicy nie chcieli się do niego przyznać, a protestanci nie mogli”.