Când au aflat că Martorilor lui Iehova le-a fost garantată libertatea de închinare, conducătorii bisericilor creștine s-au înfuriat foarte tare. Peste 700 de clerici și conducători laici din șapte biserici protestante au ținut un seminar în Jakarta cerând guvernului să impună din nou interdicția. Dar guvernul nu și-a schimbat poziția.

Pe măsură ce vestea despre ridicarea interdicției se răspândea în întreaga țară, multe persoane interesate scriau la filială cerând publicații sau un studiu biblic. În 2003, peste 42 000 de persoane au asistat la Comemorare, mai mult decât dublul numărului de vestitori din țară. Aproape 10 000 de persoane au participat la un congres în Jakarta, printre care și un oficial de rang înalt din Departamentul Afacerilor Religioase. Acesta a fost uimit să-i vadă pe cei din auditoriu, tineri și vârstnici, căutând în propriile Biblii versetele menționate. El i-a asigurat pe frați că era hotărât să corecteze informațiile greșite despre Martorii lui Iehova.

De asemenea, după ridicarea interdicției, misionarii au putut să se întoarcă în Indonezia. Primii misionari care s-au întors au fost Josef și Herawati Neuhardt * (din Insulele Solomon), Esa și Wilhelmina Tarhonen (din Taiwan), Rainer și Felomena Teichmann (din Taiwan) și Bill și Nena Perrie (din Japonia). Ulterior au venit și absolvenți noi ai Școlii Galaad; aceștia au fost repartizați ca misionari în Sumatra de Nord, în Kalimantan, în Sulawesi de Nord și în alte regiuni izolate.

 În 2005, filiala a organizat cursurile a două școli teocratice noi. Unul dintre instructorii Școlii de Organizare Teocratică (numită în prezent Școala pentru Evanghelizatori ai Regatului), Julianus Benig, a spus: „Mi-a făcut mare plăcere să-i ajut pe cursanți să-și îmbunătățească modul de predare și aptitudinile oratorice și să devină mai utili organizației”. Mulți absolvenți ai acestei școli slujesc acum ca pionieri speciali sau ca supraveghetori de circumscripție. Majoritatea fraților din prima clasă a Școlii pentru Supraveghetorii Itineranți (numită în prezent Școala pentru Supraveghetorii de Circumscripție și Soțiile Lor) au fost instruiți inițial în perioada în care lucrarea a fost interzisă. Noua școală i-a ajutat să se achite de sarcinile lor după ridicarea interdicției. Ponco Pracoyo, care a participat la cursurile primei clase, a zis: „Școala m-a ajutat să manifest mai multă empatie și să-mi îndeplinesc rolul de supraveghetor de circumscripție cu și mai multă seriozitate. A fost înviorătoare și încurajatoare!”.

Pe parcursul celor 25 de ani de interdicție, majoritatea congregațiilor din Indonezia s-au întrunit în case particulare mici. Puține congregații își permiteau să construiască o sală a Regatului și era aproape imposibil să se obțină autorizație de construire pentru noi locuri de închinare. Întrucât multe congregații creșteau foarte repede, filiala a înființat un birou pentru construirea de săli ale Regatului (numit în prezent Departamentul de proiecte și construcții locale) pentru a satisface această necesitate stringentă.

Una dintre primele zone care a beneficiat de acest nou program de construire a fost insula Nias din Sumatra de Nord. „Când am auzit că vom avea o sală a Regatului nouă, am fost foarte bucuroși”, spune Haogo’aro Gea, un frate care slujește în Congregația Gunungsitoli de mult timp. „Filiala a trimis șapte slujitori temporari la construcții pentru a supraveghea lucrările. Sala a fost terminată în 2001.” Faonasökhi Laoli, un membru al comitetului local de construcții, relatează: „Înainte ne întruneam în case particulare mici, iar comunitatea nu îi privea cu respect pe Martorii lui Iehova. Dar, după ce am terminat de construit sala Regatului, media participanților la întruniri a crescut de la 20 la 40. În decurs de un an, asistența la întruniri a crescut cu peste 500 de procente. Locul nostru de închinare este cel mai frumos din zonă, iar comunitatea îi respectă pe Martorii lui Iehova”.

În 2006, în Bandung, Java de Vest, frații au început să caute o proprietate pentru a construi prima sală a Regatului din oraș. „A durat un an să găsim un teren potrivit”, spune Singap Panjaitan, un bătrân de congregație care a slujit în comitetul de construcții. „Dar aveam  nevoie de consimțământul a cel puțin 60 de vecini care nu erau Martori pentru ca autoritățile să ne dea autorizația de construcție. Șaptezeci și șase de vecini și-au dat acordul, inclusiv o femeie influentă care inițial ni se împotrivise. Când sala a fost terminată, am organizat o zi a porților deschise și i-am invitat pe vecinii noștri și pe primarul orașului Bandung. Primarul a declarat: «Acest locaș de cult curat și ordonat este un exemplu pentru toate celelalte biserici».” Sala Regatului, o clădire cu un etaj, a fost dedicată în 2010.

Din 2001, în Indonezia au fost construite peste 100 de săli ale Regatului, dar este nevoie de multe altele.