Висувалось багато теорій щодо причин цієї хвороби, проте жодну з них не вдавалось підтвердити. Усі спроби знизити рівень смертності зазнавали невдачі. Земмельвейс не міг спокійно дивитися на нещасних жінок, які в муках помирали повільною смертю. Він поставив собі за мету визначити причину захворювання, аби можна було йому запобігати.

Шпиталь, у якому працював Земмельвейс, мав два окремих пологових відділення. Дивувало те, що в першому смертність була значно вищою, ніж у другому. Єдиною відмінністю між ними було те, що в першому проходили практику майбутні лікарі, а в другому — майбутні акушерки. Чому ж відрізнявся рівень смертності? Намагаючись розгадати цю загадку, Земмельвейс одну за одною досліджував різні можливі причини смерті жінок. Та визначити справжню йому не вдавалося.

На початку 1847 року Земмельвейс наблизився до розгадки таємниці. Його колега і друг Якоб Коллечка отримав зараження крові, поранившись під час проведення розтину трупа, і згодом помер. Ознайомившись з результатами розтину тіла Коллечки, Земмельвейс помітив, що в того були ті ж ознаки зараження, що й у жінок, які померли від пологової гарячки. Тож Земмельвейс  припустив, що вагітні жінки заражалися, як він це назвав, «трупною отрутою», що й спричиняла гарячку. Лікарі і студенти з першого відділення часто проводили розтини трупів, а потім відразу йшли оглядати майбутніх мам або приймати пологи, і так ненавмисно заносили жінкам інфекцію. Смертність у другому відділенні була нижчою, тому що студентки, які вчилися на акушерок, не проводили розтинів.

Земмельвейс одразу ж ввів жорстке правило — перед кожним оглядом вагітних слід мити руки і знезаражувати їх розчином хлорного вапна. Результат був вражаючим: показник смертності впав з 18,27 відсотка у квітні до 0,19 відсотка в кінці року.

Не всі зраділи такому успіху. Відкриття Земмельвейса спростовувало теорії щодо причин пологової гарячки, висунуті його керівником, якого і так дратувала невгамовна наполегливість асистента. Зрештою Земмельвейс втратив роботу у Відні і переїхав до Угорщини. У Пешті він очолив пологове відділення шпиталю святого Роха і запровадив там свої методи дезінфекції. Завдяки цьому рівень смертності від пологової гарячки у шпиталі знизився до менш ніж одного відсотка.

У 1861 році світ побачила праця Земмельвейса «Етіологія, сутність та профілактика пологової гарячки». На жаль, важливість його відкриттів належно оцінили лише через декілька років. А тим часом смерть безжалісно забирала безліч життів, які можна було врятувати.

Сьогодні Земмельвейса вважають одним з тих, хто заклав основи сучасної антисептики. Його дослідження допомогли встановити, що мікроскопічні організми можуть спричиняти хвороби. Земмельвейс вніс свою лепту в розвиток мікробної теорії хвороб, яку було названо «найвагомішим внеском у становлення медичної теорії і практики». Варто зазначити, що Мойсеїв закон, який є частиною Біблії, давав розсудливі настанови, як поводитись з тілами померлих, ще понад 3000 років тому.