Tây Ban Nha, Bồ Đào Nha và các giáo hoàng xem những vùng đất mới đã thuộc quyền sở hữu của họ. Năm 1455, giáo hoàng Nicholas V đã ban đặc quyền cho Bồ Đào Nha để khám phá các vùng đất và các đảo dọc bờ biển Đại Tây Dương thuộc châu Phi, và cho phép họ sở hữu mọi thứ tại đấy. Năm 1479, trong Hiệp ước Alcáçovas, vua Afonso V của Bồ Đào Nha và con trai ông là hoàng tử John trao quyền cai trị quần đảo Canary cho vua Ferdinand và hoàng hậu Isabella của Tây Ban Nha. Đổi lại, Tây Ban Nha thừa nhận Bồ Đào Nha giữ độc quyền mậu dịch ở châu Phi và Bồ Đào Nha có chủ quyền trên Azores, đảo Cape Verde và Madeira. Hai năm sau, giáo hoàng Sixtus IV xác nhận hiệp ước này một lần nữa, trong đó ghi rõ Bồ Đào Nha sẽ sở hữu bất cứ vùng đất mới nào được khám phá ở phía nam và phía đông của quần đảo Canary.

Tuy nhiên John, lúc đó là John II của Bồ Đào Nha, tuyên bố rằng những vùng đất do Columbus khám phá thuộc quyền sở hữu của Bồ Đào Nha. Triều đình Tây Ban Nha không hài lòng với hiệp ước này nên đã kháng cáo lên giáo hoàng mới là Alexander VI để đòi quyền sở hữu thuộc địa và ép người dân cải đạo tại những vùng đất do Columbus khám phá.

 Để đáp lại, Alexander đề xướng ba thánh lệnh chính thức. Thứ nhất, “nhân danh uy quyền của Chúa Toàn Năng” ban đặc quyền sở hữu vĩnh viễn các lãnh thổ mới cho Tây Ban Nha. Thứ hai, cố định đường phân giới bắc nam cách các đảo Cape Verde 560km về hướng tây. Tất cả những vùng đất đã khám phá hoặc sẽ khám phá theo hướng tây của đường phân giới sẽ thuộc quyền sở hữu của Tây Ban Nha. Chỉ một nét bút, giáo hoàng đã phân chia lục địa! Thánh lệnh thứ ba của ông dường như mở rộng tầm ảnh hưởng của Tây Ban Nha từ hướng đông đến tận Ấn Độ. Dĩ nhiên điều này khiến vua John rất tức giận, vì nước này chỉ mới chinh phục tới những vùng đất bọc quanh mũi cực nam của châu Phi để mở rộng sự độc quyền đến Ấn Độ Dương.

Bất mãn Alexander, * vua John đàm phán trực tiếp với vua Ferdinand và hoàng hậu Isabella. Tác giả William Bernstein cho biết: “Triều đình Tây Ban Nha sợ sự độc ác của người Bồ Đào Nha cũng như đang bận rộn trong việc kiểm soát Tân Thế Giới, nên sẵn sàng tìm sự thỏa hiệp hợp lý”. Vì vậy năm 1494, một hiệp ước được ký kết tại Tordesillas, một thành phố của Tây Ban Nha, có tên Hiệp ước Tordesillas.

Hiệp ước Tordesillas duy trì đường phân giới bắc nam mà Alexander đã định, nhưng nay di chuyển xa hơn về phía tây 1.480km. Tất cả châu Phi và châu Á lúc bấy giờ được cho là “thuộc về” Bồ Đào Nha, còn Tân Thế Giới thuộc về Tây Ban Nha. Tuy nhiên, việc thay đổi vị trí đường phân giới làm cho nước Brazil, lúc đó chưa được khám phá, thuộc lãnh thổ của Bồ Đào Nha.

Những thánh lệnh cho phép Tây Ban Nha và Bồ Đào Nha chiếm hữu và bảo vệ những vùng đất mới là nguyên nhân gây ra biết bao cuộc đổ máu. Những thánh lệnh này không những lờ đi các quyền của dân bản địa (dẫn đến việc họ bị áp bức và bóc lột) mà còn nảy sinh những xung đột giữa các nước trong nhiều thế kỷ nhằm tranh giành quyền lực và sự tự do đi lại trên biển.